3. évad

A karizmatikus Rodrigo Borgia a könyörtelen fiaival, Cesare-vel és Juannal, valamint a csábítóan mérgező lányával, Lukréciával összefogva mindent megtesz annak érdekében, hogy félreállítsa az útból mindazokat, akik veszélyt jelentenek a gazdagságukra, a hatalmukra nézve. Della Rovere kész mindent megtenni a siker érdekében, ám nem ő az egyetlen, aki a Borgiák bukását akarja. Catherina Sfroza is elküldi a saját bérgyilkosát, Rufiót, hogy leszámoljon a Borgiákkal, megfossza őket a pápai tróntól. Lukrécia gyors helyzetfelismerésének köszönhetően azonban mégsem veszítik el a hatalmukat.

VI. Sándor pápa felgyógyul a merényletkísérletből. Megbízza Sforza bíborost, derítse ki, kik fordultak ellene a nehéz időkben. Amikor kezében van a "bizonyíték", száműzi az összes bíborost, akiben nem bízik. Csupán Orsini próbál szembeszegülni vele. Közben Catharina Sforza megparancsolja Rufiónak, hogy próbálja elnyerni a Romagna családok zsoldos hadurainak támogatását. Lukrécia dühös, hogy a nápolyi királyi család nem hajlandó elfogadni a fiát. Rádöbben, hogy vonzódik a testvéréhez, Cesaréhoz.

A kizárt bíborosokat megfosztják címűktől és vagyonuktól. Egyikük, Versucci mérgében felgyújtja a vatikáni kincstárat. Miután Ferdinánd elutasítja Lukrécia fiát, Cesare Nápolyba utazik, hogy rendezze a problémát. Cesare szövetséget fontolgat a régi ellenséggel, Franciaországgal, miközben apja ragaszkodik a Nápollyal való egyezséghez. Az esküvője után Alfonso ráébred, hogy a politikai helyzet megváltozott, és nem az ő javára. Lukréciát így egyedül hagyja a nászéjszakán, akit a vágy Cesare karjaiba űz.

A kincstár élére kinevezett Farnese bíboros rájön, hogy Versucci megdézsmálta azt. Velence a pápa segítségét kéri a török kalózok ellen. VI. Sándor úgy érzi, itt a jó alkalom, hogy feltöltse a kincstárt, ezért keresztes hadjáratot hirdet. Giulia lakomával egybekötött orgiát rendez az új bíborosoknak. Ez valójában arra szolgál, hogy kiismerjék a szexuális szokásaikat, és később ezzel zsarolhassák őket. Közben Ferdinánd megtudja, hogy Lukrécia és Alfonso násza nem teljesült be. Nyilvános szeretkezést követel.

Cesare franciaországi diplomáciai küldetése teljes siker. A régi tanácsadója, Machiavelli segítségével szövetséget köt d'Amboise érsekkel, Charlotte d'Alberttel, egy nemes feleséggel, illetve katonai megállapodást Milano és a Borgiák ellenségei ellen. A csábító és őrült Bianca öngyilkosságot követ el, arra késztetve VI. Sándort és Sforza bíborost, hogy megfizessenek Gonzagának az összeesküvésért. Micheletto védelme alatt Lukrécia Nápolyba utazik férjével. Ferdinánd király kitart amellett, hogy nem ismeri el Lukrécia fiát.

A pápa dühös, amikor Cesare megérkezik a francia sereggel, úgy érzi, tekintélye csorbát szenved. Ám támogatja Cesare tervét, hogy tönkretegyék a Sforza-dinasztiát. Catherina Sforza sem tétlenkedik. A békeüzenet mellett pestissel fertőzött ruhát küld a pápának. Cesare megparancsolja, hogy pusztítsák el a ruhát, ám az egyik bíboros megtartja azt saját céljaira. A kincstár megtöltése érdekében VI. Sándor büntetőadót vet ki a zsidókra. A közösség egyik tagja, Mattai felajánlja, megszerzi neki a szent relikviát, Longinus lándzsáját.

Cesare felgyújtja a bíboros palotáját, ahol a fertőzött ajándék következtében járvány tört ki. Micheletto szerelemre lobban a fiatal Pascal iránt. Lukrécia látja, hogy a politikai széljárás a franciáknak kedvez, ezért igyekszik megerősíteni nápolyi hatalmi bázisát. Két jelölt pályázik Ferdinánd trónjára: az öntelt Raphael és a barátságos Frederigo herceg. Amikor Frederigót majdnem megmérgezik, Lukrécia bizonyítékot "talál" Raphael bűnösségére, és megzsarolja, hogy mondjon le a trónigényéről. Így Frederigo fejére kerül a korona.

Zarándokok árasztják el Rómát a jubileumi év alkalmából. Catherina Sforza megpróbál ellenlépéseket tenni. Ám a Kefalóniába átkelt török flottát Mattei kapcsolatai segítségével sikerül elpusztítani. Cserébe a pápa mentesíti a zsidókat az adóktól. Nápolyban Lukrécia változást tapasztal Frederigo viselkedésében, rájön, hogy megfigyelés alatt áll. Megtudja, Frederigo megrendezte a mérgezést, hogy eltávolítsa az útjából Raphaelt. Cesare és Micheletto rájönnek, hogy Pascal Catherina Sforzának kémkedik, aki összejátszik Frederigóval.

Micheletto megöli az áruló szeretőjét, Pascalt. Cesarét lesújtja hadnagyának eltűnése, majd Nápolyba megy, hogy megmentse Lukréciát, ő azonban már megszökött a rabságból. Útközben találkoznak egymással, és annyira örülnek a viszontlátásnak, hogy Alfonso gyanakodni kezd, hogy a kapcsolatuk több mint testvéri. Közben VI. Sándor a zsidó bizalmasával, Mattaivel azt tervezi, hogy megszerzi a hatalmat az itáliai kénpiac felett, ami a puskaporgyártás szempontjából fontos. Emiatt a pápa összevész a fiával, ám Mattei kibékíti őket.

Az évadzáró epizódban VI. Sándor kibékül a fiával, és elmondja, hogy a jubileumi év ünnepségeinek bevételeiből megerősíti a pápai sereget. A Borgiák immár készen állnak arra, hogy leszámoljanak a Sforzákkal. Cesare ostrom alá veszi Catherina kastélyát Forlinál. Catherina azonban a tüzérségi tűz és az éhezés ellenére kitart. Micheletto újra feltűnik, és tanácsot ad Cesarének Forli gyenge pontjait illetően. Rómába visszatérve Cesare azt tapasztalja, hogy Alfonso egyre erőszakosabb, ezért elhatározza, hogy elteszi az útból.